Fill d’una família benestant de Burgos, tenia sensibilitat per l’art i la música i va estudiar arquitectura a Madrid. Una visita al monestir trapenc de Sant Isidre de Dueñas, a Palència, li va desvetllar la vocació monàstica i, acabat el servei militar, hi va entrar. Però el germà Rafael patia de diabetis, i la mala salut li feia difícil seguir el règim de vida de la comunitat, per la qual cosa sovint havia d’estar-se temporades amb la família. Per aquest motiu no va prendre els hàbits fins poc abans de morir de la mateixa malaltia quan encara no havia trenta anys. Rafael Arnáiz va deixar escrits on manifesta una espiritualitat delicada i profunda. Va ser canonitzat per Benet XVI el 2009.