La relació entre Pere i el deixeble estimat és una qüestió que el quart evangeli posa en primer pla. L’evangelista no nega en cap moment la posició cabdal de Pere en l’Església, però el seu focus d’atenció principal és el deixeble estimat, al qual presenta com a model de fe i seguiment per a la comunitat: seu al costat de Jesús en l’últim sopar, es reclina sobre el seu pit, és al peu de la creu amb la mare de Jesús, arriba primer al sepulcre, és el primer deixeble que creu en la resurrecció i és el primer a reconèixer Jesús ressuscitat en el relat de la pesca miraculosa.

La fe del deixeble estimat contrasta amb la fe dubitativa de Tomàs. Aquest relat del deixeble estimat que no veu Jesús ressuscitat, però pels signes creu, és l’antítesi del relat de l’aparició de Jesús a Tomàs, que malgrat que veu Jesús, no creu. L’Escriptura és una pista capital que ens dona Joan per no dubtar i tenir fe. Els primers deixebles, quan van anar a cercar què deia l’Escriptura, van creure. A nosaltres també la seva lectura ens guiarà cap a la convicció que Jesús ha ressuscitat. Conèixer i comprendre la Paraula ens porta a creure en Jesús.

Segons Joan, les aparicions pasquals no són determinants per a la fe pasqual. N’hi ha prou amb els signes. La tomba buida, que no és una prova de la resurrecció de Jesús, és un signe suficient per creure-hi. Creure en Jesús ressuscitat va més enllà de l’experiència física. A finals de segle I dC, els oients de l’Evangeli de Joan no tenien la possibilitat de veure Jesús terrenal i feia molts anys que no tenien lloc més aparicions de Jesús ressuscitat. Nosaltres estem en la mateixa situació. Voldríem proves i certeses, però creure no deixa de ser un risc. Com els contemporanis de l’evangelista, no podem veure ni tocar Jesús. L’evangelista, però, ens anuncia que la seva presència és real, que és cert que és viu. L’opció és difícil i la proposta de Joan és clara i diàfana: o creus o no creus, no hi ha terme mig. La fe de l’altre deixeble, aquell que Jesús estimava tant, palesa que creure en Jesús és possible. La nostra vida cristiana és una vida en la fe. El testimoni del deixeble estimat ens esperona a cercar el fonament de la fe en el veure i conèixer què ens parla l’Escriptura.