Davant la possibilitat que el govern espanyol plantegi que els edificis de l’Església hagin de pagar l’IBI o altres impostos, el nou president de l’Episcopat espanyol ha demanat igualtat, alhora que s’ha mostrat obert a parlar-ne. Ha assegurat que els catòlics “no volen privilegis, sinó un tracte com el que es dona a altres institucions públiques i privades”. El cardenal Joan-Josep Omella ha admès que “hi ha diverses sensibilitats dins la Conferència Episcopal”, però ha negat que hi hagi enfrontament entre dos sectors. D’altra banda, l’arquebisbe de Barcelona ha comentat que l’Església seguirà les indicacions de les autoritats sanitàries contra el coronavirus, però ha demanat que no es magnifiqui la situació i “no s’alarmi la població”. Omella ha defensat un treball per tancar ferides del passat i que no es fomenti l’enfrontament.
En Aquesta mateixa compareixença, Joan-Josep Omella ha explicat que s’està preparant una nou pla pastoral per a les diòcesis de manera conjunta, un projecte “per donar resposta a la societat d’avui amb nou llenguatges en una Església en sortida”. El pla s’aprovarà d’aquí a uns mesos. I el president sortint, Ricardo Blázquez, ha donat les gràcies als periodistes i als mitjans de comunicació en el seu comiat. I el president sortint, Ricardo Blázquez, que ocupava el càrrec de manera continuada des del 2014, ha donat les gràcies als periodistes i als mitjans de comunicació en el seu comiat, alhora que ha recordat que “l’Església és comunicació i paraula”. El també arquebisbe de Valladolid ha aclarit que “el president de la Conferència Episcopal no mana sobre els bisbes, sinó que simplement coordina el seu treball”.
Membre de la Congregació de Bisbes des del novembre del 2014, després de ser renovat el desembre del 2017. El 23 de desembre del 2017, el papa Francesc també el va nomenar membre del Tribunal Suprem de la Signatura Apostòlica.
Va ser creat cardenal el 28 de juny del 2017.