Francesc passa a centrar els seus arguments, dins aquest segon capítol, en la “trobada intercultural” (36-38). Observa que fins i tot les “cultures suposadament més evolucionades” poden aprendre dels pobles que “van desenvolupar un tresor cultural estant enllaçades amb la natura”. El Papa conclou que la diversitat no és “una frontera”, sinó “un pont”, i diu “no” a un “indigenisme completament tancat”. L’última part de el capítol segon està dedicada al tema “cultures amenaçades”, que són “pobles en risc” (39-40). Diu que, en tots els projectes amazònics, “cal incorporar la perspectiva dels drets dels pobles”.
El tercer capítol, “Un Somni Ecològic”, és el que es relaciona més immediatament amb l’encíclica Laudato si. En la introducció (41-42) es destaca que a l’Amazònia ha una estreta relació de l’ésser humà amb la natura. El pontífex diu que “la cura dels nostres germans és la primera ecologia que necessitem”. Francesc planteja, com a solució, no pas la “internacionalització” de l’Amazònia, sinó el creixement de “la responsabilitat dels governs nacionals”.
L’últim capítol de l’exhortació ‘Querida Amazonia’, el més contundent, està dedicat “més directament” als pastors i fidels catòlics, i se centra en el “Somni eclesial”. El Papa invita a “desenvolupar una Església amb rostre amazònic” a través d’un “gran anunci missioner” (en el punt 61), un “anunci indispensable a l’Amazònia” (del 62 al 65). El Papa recorda que no n’hi ha prou amb l’acció de portar un “missatge social”, perquè aquests pobles tenen “dret a l’anunci de l’Evangeli”. Aclareix que, si no és així, “cada estructura eclesial es convertirà” en una ONG. D’altra banda, a partir de la Gaudium et Spes del Concili Vaticà II, el pontífex parla de la “inculturació” (en els punts del 66 al 69) com un procés que porta “a la plenitud, a la llum de l’Evangeli”, allò de bo que hi ha en les cultures amazòniques.
El Papa marca el que poden ser “camins d’inculturació a l’Amazònia” (del punt 70 al 74). Escriu que els valors presents en les comunitats originàries han de ser “recollits en l’evangelització”. En altres apartats, l’exhortació indica els “punts de partida per a una santedat amazònica” (77-80), que no han de copiar “models d’altres llocs”. Destaca que “és possible recollir d’alguna manera un símbol indígena sense qualificar-lo necessàriament d’idolatria”. Es pot valorar, afegeix, un mite “carregat de sentit espiritual” sense considerar-lo necessàriament “un error pagà”. El mateix s’aplica a algunes festes religioses que, tot i que requereixen un “procés de purificació”, “contenen un significat sagrat”.